Таърихи таъсисёбӣ Бори аввал дар ҷумҳурӣ соли 1932 Стансияи давлатии селексионию лалмикории Тоҷикистон таъсис дода шуд. Соли 1956 дар заминаи муассисаи мазкур Институти илмию тадқиқотии зироатпарварии Вазорати хоҷагии қишлоқи РСС Тоҷикистон ташкил карда шуд. Соли 1987 ин муассиса ба Иттиҳодияи илмию истеҳсолии «Зироаткор» табдил дода шуда то соли 2008 фаъолияташро идома додааст.

Дар асоси қарори Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон аз 2 майи соли 2008, № 215 муассисаи мазкур дар номгӯи муассисаҳои илмию таҳқиқотии академияи илмҳои кишоварзии Тоҷикистон Институти зироаткорӣ номгузорӣ карда шудааст. Тибқи қарорҳои Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон аз 8.07.2017, №342 ва аз 31.08.2020, №487 номгузории ин муассиса мукаммал гардонида шудааст. Дар солҳои гуногун дар пойгоҳи муассиса якчанд институтҳои соҳавӣ: с.1971 – Институти чорводорӣ; с.1978 – Институти боғпарварӣ ва сабзавоткорӣ; с.1985 – Институти иқтисодиёти кишоварзӣ; с.2007 – Маркази миллии ҷумҳуриявии захираҳои генетикӣ ташкил гардида, ҳоло ин муассисаҳо мустақилона фаъолият менамоянд.
Сохтори институт ва ҳайати кормандон. Дар Институти зироаткорӣ  10  шуъба ва 3 озмоишгоҳ  фаъолият менамоянд:
Барои иҷрои корҳои илмию таҳқиқотӣ дар институт ва муассисаҳои тобеи он 302 нафар корманди илмию техникӣ сафарбар гардидаанд, ки аз онҳо 152 нафар корманди илмӣ, 5 доктори илм, 24 номзади илм, кормандони илмии бе унвон 118  нафар ва ҳамкор 3-академики АИКТ, 2 доктори илм ва 2 номзади илм мебошанд.
Роҳбарони муассиса. Тайи солҳои 1985-2022 роҳбарии Институти зироаткории АИКТ-ро олимони зерин ба уҳда доштанд: